Appena iniziato il gioco ci viene presentata una serie di schermate che ci narra a grandi linee una fetta di storia del mondo:"… Una terribile guerra scosse il mondo, e il Mana sembrò scomparire… Prima che tutto fosse perduto, un eroe impugnando la Mana Sword distrusse la Fortezza del Mana… Anche se la civiltà fu distrutta, nel mondo si ristabilì la pace… Ma il tempo scorre come un fiume… e la storia si ripete … “.
Guarda caso ad incappare nella famosa Mana Sword sarete proprio voi che, per sbaglio,la estrarrete dalla roccia rimuovendo il sigillo che tratteneva un gran numero di demoni e mostriciattoli vari. Esiliati dal vostro villaggio, comincia l'avventura alla ricerca dei magici Mana Seed. Riattivare questi “semi di Mana” significa ridare vitalità al Grande Albero e invocare l'aiuto dello spirito che custodisce ognuno di essi (essi rappresentano i vari elementi naturali: acqua, terra, fuoco, vento, luce, luna, oscurità e natura, ultimo dei guardiani, essenza stessa dell'Albero di Mana). Nel corso della storia verrete affiancati da due personaggi: uno spirito della foresta e una fanciulla. Questi gruppetto è l'unica speranza per poter sconfiggere L'Impero, un regno militare che vuole sfruttare questo stato di caos per conquistare il mondo, e altri mali ancor più antichi e temibili. L'avventura non si concluderà semplicemente ritrovando i Mana Seeds, il destino ha in serbo per i nostri eroi una prova ancor più terribile....
La mappa di gioco è veramente molto vasta: la nostra avventura in lungo e in largo per questo mondo è caratterizzata da paesaggi ben realizzati e ben diversificati l'uno dall'altro.
Notevole la libertà di “andare dove si vuole”, ben superiore a larga parte delle produzioni RPG successive. Oltre che a piedi infatti ci si può spostare con le navi, con i cannoni (proprio così, cannoni che ti catapultano per pochi soldi a lunghissime distanze!) e grazie ad un draghetto che ci porterà in volo ai quattro angoli del mondo.
In questi vasti doungeon incontreremo numerosi nemici, che non sono però né fissi né nascosti alla nostra vista, ma ben visibili e “liberi” di agire. Infatti ciò che rende davvero originale questo gioco è il sistema di combattimento: niente turni ma una sorta di combattimento real time: il personaggio attacca ogni volta che si preme l'opportuno tasto sul controller, la forza del colpo dipende da una barra che si ricarica dopo ogni colpo. Un attacco dunque sarà efficace se la barra sarà al 100% (ci mette molto poco a caricarsi, l'azione è comunque piuttosto frenetica) ma nulla ci vieta di non lasciare tempo al nemico di contrattaccare colpendolo in continuazione. Con questo sistema è possibile controllare un solo personaggio, gli altri due possono essere gestiti da un secondo (ed eventualmente un terzo) giocatore umano, oppure sarà sufficiente impostare a priori la strategia, decidendo ad esempio se la ragazza deve attaccare un nemico predefinito o il primo che incontra, sbilanciarsi più sull'attacco o rimanere più sulla difensiva, aiutare un altro pg ecc...
I nostri eroi combattono all'arma bianca: ci sono sette armi (spada, arco, lancia, boomerang, guanti, frusta e ascia) scambiabili liberamente tra i personaggi e potenziabili presso i fabbri. Ogni arma può essere più o meno utile contro un determinato nemico e più un personaggio la utilizza, più acquista esperienza con essa, apprendendo colpi speciali. Oltre al combattimento con le armi c'è la magia, che scaturisce direttamente dagli spiriti di Mana che incontriamo sul nostro cammino. Il folletto usa magie offensive, la ragazza magie difensive o volte al potenziamento delle armi mentre il protagonista non è in grado di usare l'arte magica. Le magie sono tante, utili e belle da vedere. Con questo sistema di controllo la strategia non viene per nulla compromessa e non si crea quella situazione da “clicca e colpisci” tipica di tanti giochi successivi. Il tutto viene impreziosito da una sorta di menù "ad anello" che consente di selezionare armi, oggetti e magie direttamente dalla schermata di gioco, interropendo il gioco solo per pochissimi istanti: una scelta vincente che giova notevolmente al gameplay.
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