Come abbiamo visto Ninja Spirit guadagna già diversi punti per la presentazione, ma va detto fin da subito che si dimostra altrettanto valido anche negli altri comparti. Moonlight, da buon ninja, può saltare ad altezze notevoli, fino a quasi il limite superiore dello schermo: alcuni livelli sono costruiti attorno a questa abilità, ed è un piacere vederlo saltare tra i rami degli alberi o da una roccia all'altra. Cosa però più importante, egli è in possesso di quattro armi differenti: una spada (per il combattimento ravvicinato), degli shuriken (o stellette da lancio, utili a colpire più bersagli a distanza), una kusarigama (una catena alla cui estremità si trova un falcetto, per spazzare nemici a distanza medio-lunga) e degli esplosivi da lanciare agli avversari (per causare danni elevati). L'aspetto innovativo del gioco è che le armi sono tutte disponibili dall'inizio e liberamente selezionabili, per cui il giocatore può decidere di affrontare le orde di nemici con l'arma che più gli si addice. Ad ogni modo, i programmatori hanno deciso di evidenziare di volta in volta nella barra di selezione delle armi quella che risulta più indicata ad affrontare una determinata situazione di gioco: una soluzione molto interessante, che se da un lato si rivela utile ai principianti per progredire nei livelli (come quasi tutti i coin-op del tempo che fu, anche NS è parecchio difficile, e il nostro eroe muore ad ogni colpo subito), dall'altro non limita in alcun modo il giocatore che può comunque scegliere di potenziare al massimo un'altra arma che gli sembra più efficace e sviluppare così le proprie strategie personali, e inoltre funziona da ulteriore elemento di sfida per il giocatore più esperto, che può mostrare la sua abilità nel completare i livelli con un handicap rappresentato da un'arma inadeguata alle sfide da affrontare.
Si parlava di potenziamenti delle armi: raccogliendo certe gemme si può ottenere fino a due upgrade dell'arma in possesso, e qui troviamo un'altra interessante innovazione. Infatti, se raccogliamo un potenziamento per un'arma che è già al massimo delle sue capacità, esso non verrà sprecato, ma si trasferirà all'arma ad essa adiacente nella barra di selezione; stesso discorso per i bonus che incrementano le capacità di tutte le armi in un colpo solo. Non è tutto: Moonlight è in grado, attraverso altre gemme, di creare fino a due proiezioni di sè, l'equivalente dei pod negli sparatutto. Queste due illusioni ninja si muovono sulla scia di Moonlight sparando quando spara lui e usando la stessa arma; tuttavia esse sono in grado di rimanere sospese a mezz'aria, per cui muovendosi con intelligenza è possibile piazzarle in modo da coprire con la propria potenza di fuoco buona parte dello schermo (questo è vero soprattutto nel caso degli shuriken alla massima potenza...con le due illusioni in gioco si genera una pioggia di proiettili da fare invidia a qualunque shoot 'em up!). Con questo "trucco" si può eliminare alcuni boss in una manciata di secondi, ma ciò non fa assolutamente di NS un gioco facile: gli avversari piombano a frotte sullo schermo, in ogni momento e da qualunque parte (alcuni anche da sopra i soffitti e da sotto i pavimenti!), spesso apparendo dal nulla (in fondo buona parte dei nemici sono ninja pure loro); fortunatamente esistono bonus che ci consentono di ripulire la schermata da tutta la marmaglia che ci corre incontro. La suddetta marmaglia è costituita da tutti quei personaggi tipici del periodo e del'ambientazione: oltre ai ninja malvagi abbiamo monaci erranti, samurai, fucilieri, lupi, demoni ed entità spettrali, ciascuno con i propri metodi di attacco e le proprie forze e debolezze.
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